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php sostituisce le chiavi dell'ID dell'array

Sì, impostalo nel ciclo:

$array[ $row['cat_title'] ][ $row['sub_cat_id'] ] = $row['sub_cat_title'];

Ma, $array[$row['cat_title']] potrebbe non essere ancora impostato, quindi dovresti aggiungere questo controllo in anticipo:

if( !isset( $array[$row['cat_title']])) {
    $array[$row['cat_title']] = array();
}

Il tuo codice originale non ha bisogno di questo controllo poiché $array[] non genererà alcun avviso/avviso, ma quando si tenta di impostare una chiave specifica, verrà generato un avviso/avviso se la variabile non è già dichiarata come array.