Mysql
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Funzione MySQL SUM in più join

Questo è un problema a causa delle molteplici gerarchie. Suggerirei:

SELECT c.id, ch.charge_amount, ch.taxes_amount
FROM Customer c LEFT JOIN
     (SELECT ch.customer_id, SUM(ch.amount) as charge_amount,
             SUM(t.taxes_amount) as taxes_amount
      FROM Charges ch LEFT JOIN
           (SELECT t.charge_id, SUM(t.amounts) as taxes_amount
            FROM taxes t
            GROUP BY t.charge_id
           ) t
           ON t.charge_id = ch.id
      GROUP BY ch.customer_id
     ) ch
     ON ch.customer_id = c.id;

Non sarai in grado di risolvere questo problema senza sottoquery di un modulo o dell'altro, se ci sono più addebiti per un cliente o più tasse su un addebito.