recupera il valore della chiave primaria dei dati come indice per l'array associativo

Non è possibile direttamente dalla query SQL:ma puoi recuperare tutti i tuoi dati, quindi mappare nuovamente l'array

Utilizzo di array_column() di PHP 5.5 puoi fare qualcosa come:

$myarray['row_choice'] = array_combine(
    array_column($myarray['row_choice'], 'id'),
    $myarray['row_choice']
);

altrimenti per le versioni precedenti di PHP, utilizzare array_map() invece

$myarray['row_choice'] = array_combine(
    array_map(
        function($value) {
            return $value['id'];
        },
        $myarray['row_choice']
    ),
    $myarray['row_choice']
);