MySQL rimuove lo zero iniziale dalla colonna intera

Non puoi. Le colonne intere (bigint) non memorizzano zeri iniziali (ad es. in una rappresentazione visiva)

Piuttosto che tentare di memorizzare uno zero iniziale (usando un campo varchar), fai in modo che una vista (o qualsiasi altra cosa) formatti l'intero in una stringa nel formato richiesto.

Se devi memorizzare qualcosa che è effettivamente una stringa nel modello di dominio (ad es. un numero di telefono), utilizza una stringa anziché un campo di tipo intero.