Mysql
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Applica php/MySql while loop nell'oggetto javascript

<?php
include("regDBConnect.php");

// collect all the results
$rows = array();

$result1 = mysql_query("SELECT * FROM Phase where Pid = 1", $db) or die("cannot select");
while($row = mysql_fetch_array($result1)) {
  $rows []= array(
    'id' => $row['id'],
    'parent' => $row['parent'],
    'name' => $row['name'],
  );

  /*
     if you remove the line above and uncomment this instead,
     javascript objects will see all the properties you selected from the DB 
   */
  // $rows []= $row;
}
?>

<script type="text/javascript">
// now output the collected results
var treeData = <?php echo json_encode($rows); ?>;
</script>

Nota che quello che ho detto su PDO/MySQLi si applica ancora, questo è solo un esempio minimo per rispondere a questa domanda specifica. (E in generale, dovresti SELEZIONARE solo le colonne di cui avrai bisogno, non * .)