Mi rendo conto che questa domanda è piuttosto vecchia ora, ma non ha avuto risposta.
Direi che il costruttore di schemi Laravel è più per comodità e compatibilità multipiattaforma, piuttosto che per prestazioni.
Se vuoi ottimizzare ALTER
query, suggerirei di utilizzare il DB
facciata e scrittura di SQL grezzo.
Schema::table('table', function (Blueprint $table) {
DB::statement('ALTER TABLE table DROP COLUMN a, DROP COLUMN a;');
});