aggiornamento mysql - saltare i campi vuoti?

Li sostituirà con valori vuoti. Il modo corretto per farlo è non inserire affatto quegli elementi nella query:

if (empty($field1) && empty($field2) && empty($field3) {
  // show error message, nothing to do
  return;
}

$updates = array();
if (!empty($field1))
  $updates[] = 'field1="'.mysql_real_escape_string($field1).'"';
if (!empty($field2))
  $updates[] = 'field2="'.mysql_real_escape_string($field2).'"';
if (!empty($field3))
  $updates[] = 'field3="'.mysql_real_escape_string($field3).'"';
$updates = implode(', ', $updates);

mysql_query("UPDATE table SET $updates WHERE ID=123");

Ovviamente sarebbe più pulito inserire le modifiche in un array o un oggetto associativo, e poi scorrerle in sequenza.