Usare solo PHP sarebbe piuttosto problematico, dovresti ottenere tutti i record dalla tua tabella mysql, creare le tabelle appropriate in sqlite3 e inserire i record.
Per quanto posso dirti, voglio solo farlo automaticamente, quindi non vedrei il male nell'usare i programmi di shell. Puoi farlo abbastanza facilmente usando exec
funzione:http://nl3.php.net/manual/en/function .exec.php