Questo è un divisione relazionale problema.
Il modo che suggerisci con il COUNT
è probabilmente il più semplice in MySQL
SELECT product_id
FROM product_attributes pa
WHERE (attribute='size' and value='medium')
OR (attribute='colour' and value='blue')
GROUP BY product_id
HAVING COUNT(DISTINCT CONCAT(attribute,value) ) = 2
C'è un altro approccio con il doppio NOT EXISTS
nell'articolo collegato ma poiché MySQL non supporta i CTE, sarebbe piuttosto ingombrante.