Dopo un po' più di ricerca, ho trovato il seguente link che suggerisce che si tratta di un bug di MySQL:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Per fortuna, disabilitando supports_san_multi_rowcount aiutato!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Abbastanza buono per me per ora. Ecco un'altra risorsa interessante che ho trovato durante il trattamento di postgresql:https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using
