Puoi cambiare il tuo ciclo for da
<?php
for($i=1;$i <= $page;$i++){
?>
<?php
if ($id>1)
{ ?>
<li class="active"><a href="?id=<?php echo $i ?>"><?php echo $i;?></a></li>
<?php }
?>
<!-- <li><a href="?id=<?php echo $i ?>"><?php echo $i;?></a></li> -->
<?php
}
?>
a:
<?php
for($i=1;$i <= $page;$i++){
$class=($i==$id)? ' class="active"' : '';
echo '<li'.$class.'><a href="?id='.$i.'">'.$i.'</a></li>';
}
?>
Se ho compreso correttamente il tuo codice, $page rappresenta il totale delle pagine e $id rappresenta la pagina corrente, questo imposterà il numero di pagina corrente come classe attiva e lascerà le altre pagine senza la classe