Questo dovrebbe farlo:
SELECT JSON_CONTAINS(JSON_EXTRACT(Doc, '$.*.f1[*].c1'), '"foo1"') FROM table;
Se stai utilizzando 5.7.9 o versioni successive, puoi sostituire JSON_EXTRACT
funzione con ->
operatore:
SELECT JSON_CONTAINS(Doc->'$.*.f1[*].c1', '"foo1"') FROM table;