Fondamentalmente se mantieni pconnect=false in database.php quindi la connessione verrà chiusa automaticamente al termine dell'esecuzione di ogni script e per impostazione predefinita verrà impostata su false .
Bene, se vuoi, puoi usare
$this->db->close();
dopo ogni esecuzione di query per chiudere manualmente la connessione e utilizzare
$this->db->initialize();
prima di qualsiasi esecuzione di query per inizializzare nuovamente la connessione dopo averla chiusa.