Questa è l'unica soluzione che ho trovato per mantenere l'ordine. Utilizzare un'espressione anche se quel campo esiste o meno. In questo modo l'ordine è quello che ti aspetteresti:
if (TRUE) {
// To keep the order of the fields we have to use this hacky way.
// Use a function that will not modify the string
$query->addExpression("IFNULL(table_name.field_name, '')", 'field_name_alias');
} else {
$query->addExpression(':field', 'field_name_alias', array(':field' => NULL));
}