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Come controllare varchar con zeri iniziali in mysql

Ottieni lo stesso risultato senza gli zeri iniziali.
Utilizza il tipo di dati intero per confrontare i valori interi.
Puoi anche convertire i valori al volo utilizzando il cast:

Il tuo esempio con Cast: 

select if( cast('00160001' as unsigned) between cast('0013001' as unsigned)  
and cast('0023000' as unsigned),1,0) as test_a,  
if( cast('00200000' as unsigned) between cast('0013001' as unsigned)   
and cast('0023000' as unsigned),1,0) as test_b;