No, mysqli_query non cambierà automaticamente il livello di isolamento. La connessione tramite mysqli è in molti modi proprio come la connessione tramite mysql cli. In entrambi i casi otterrai il livello di isolamento predefinito. E proprio come il cli, mysqli non può fare ipotesi su quali affermazioni arriveranno attraverso la connessione.
Ad ogni modo, se hai delle buone ragioni per preoccuparti del livello di isolamento, penso che dovresti semplicemente impostarlo in modo esplicito, ad esempio:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
In questo modo puoi assicurarti di avere il livello di isolamento che desideri e puoi commentare le tue ragioni nel codice.
