Seleziona COUNT in due tabelle in una query con MySQL

Ecco un modo:

select (select count(*) from table1) as t1_amount,
       (select count(*) from table2) as t2_amount

Ecco un altro modo:

select t1.t1_amount, t2.t2_amount
from (select count(*) as t1_amount from table1) t1 cross join
     (select count(*) as t2_amount from table2) t2

Il tuo metodo non funziona perché , nel from la clausola fa un cross join . Questo fa un prodotto cartesiano tra i due tavoli.