Invece di selezionare tutti i campi con "SELECT *", dovresti nominare esplicitamente ogni campo di cui hai bisogno, alias con AS come richiesto. Ad esempio:
SELECT si.field1 as si_field1,
si.field2 as si_field2,
ind_data.field1 as ind_data_field1
FROM sites_indexed as si
LEFT JOIN individual_data as ind_data
ON si.id = ind_data.site_id
WHERE `url` LIKE :url
E poi puoi fare riferimento ai nomi con alias nel tuo set di risultati.