Si tratta solo di aggiornare la colonna corrispondente.
A seconda di ... ronzio ... del tuo umore (?) potresti provare:
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
Oppure
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
Oppure
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);
