mysql conta quante volte un campo si collega a un altro

select ref, count(distinct id) from table group by ref;

Questo ti darà un conteggio di ID distinto per rif.

select ref, count(*) from table group by ref;

Questo ti darà il numero di record per rif.

MODIFICA:

Prova questo per ottenere l'output che desideri.

select t.*, m.counter
from table t 
join (
   select ref, count(distinct id) as counter
   from table group by ref
) m on t.ref = m.ref

Esempio su SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2