Per prima cosa arresta MySQL (e assicurati che non ci siano processi MySQL in esecuzione), rimuovi i file ib_logfile* dalla directory dei dati mysql, quindi avvia nuovamente MySQL. Ricreerà quindi questi file. Questi sono i comandi:
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
mv ib_logfile0 ~/
mv ib_logfile1 ~/
/etc/init.d/mysql start
Quanto sopra sposta i file di registro nella cartella home dell'utente nel caso in cui fosse necessario ripristinarli.