Classi presenti nel tuo <select> originale vengono copiati nel <div> generato da Select2, quindi non dovresti aspettarti di ottenere il tuo <select> originale semplicemente utilizzando un selettore di classe.
Quello che sta succedendo in questo momento è che stai impostando il .html() del <div> invece di <select> , motivo per cui non viene più visualizzato correttamente. Invece di fare
$(".cr_coursedescription").html(html);
Dovresti provare
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Quindi ottiene solo il <select> elemento.
