Con MySQLdb vuoi utilizzare parametrizzato (le istruzioni preparate tecnicamente non esistono in python) istruzioni simili alla formattazione delle stringhe in Python 2.x.
cursor.execute("Update TABLE_PASTE set user_text = %s where number = %s",(text,value))
Nota che anche se il tuo value è un int devi comunque usare %s per formattarlo nella tua query.
Puoi trovare un buon tutorial su MySQLdb qui
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