Di recente ho riscontrato un problema simile con MySQL in uno dei miei sistemi di produzione.
Come notato in precedenza da un commentatore, il problema è la ricerca con caratteri jolly nel campo di testo, e in particolare la % iniziale nella ricerca.
Abbiamo abbassato la percentuale principale e ridotto il tempo necessario per una query di ricerca di diversi ordini di grandezza (da un server che macinava più di 60 secondi a "nessun tempo").
Le alternative sarebbero utilizzare un indice full-text o un sistema come Lucene per la ricerca.
