Rimuovere le barre nella query mysql del nodo js

Non dovresti aggiungere tu stesso le virgolette intorno al ? segnaposto. Rimuovili.

Dovresti anche passare un array, non una stringa. Supponendo che sia una stringa pulita, puoi semplicemente usare split .

connection.query(
      "delete from userFiles where type = 1 and typeId = " + taskId +
      " and fileName NOT IN (?) ", [oldFileNames.split(/,\s*/)],
      function (err, rows) {