Perché hai bisogno di Connector/C costruito con Cygwin? Non sarebbe sufficiente il normale win32 libmysql.dll?
Alcune idee per farlo compilare:
a) stai provando a compilare Connector/C con gcc come compilatore C++, meglio di no. Usa g++.
b) fare . -DSKIP_SSL=1 (l'esame di CMakeLists.txt suggerisce che rimuoverà yassl)
E sì, MySQL ha abbandonato cygwin (e non lo supportava da molti anni ormai). Non so cosa potrebbe indurre Oracle a riabilitarlo, al momento stanno piuttosto tagliando il supporto della piattaforma (ad es. HPUX e AIX sono abbandonati). Inoltre, personalmente, non vedrei molto valore nel port Cygwin, non è la piattaforma più calda, a patto che tu possa usare la porta Windows nativa.