La proprietà che devi impostare è chiamata "adenet.factory_class". Utilizzare uno dei seguenti:
<property name="adonet.factory_class">assembly-qualified-name</property>
o
configuration.SetProperty(
Environment.BatchStrategy,
typeof(MySqlClientBatchingBatcherFactory).AssemblyQualifiedName);
o come indicato nel readme del batcher stesso (https://github.com/Andorbal/NHibernate.MySQLBatcher):
config.DataBaseIntegration(db =>
db.Batcher<MySqlClientBatchingBatcherFactory>());