Perché questa semplice query MySQL non restituisce la riga?

Il tuo metodo per verificare la presenza di NULL è probabilmente il problema. In MySQL, prova quanto segue:

SELECT `id` FROM `users` WHERE `username` = "test" AND `id` IS NOT NULL;

Per verificare la presenza di NULL e una stringa vuota, puoi utilizzare:

SELECT `id` 
FROM `users` 
WHERE `username` = "test" 
AND (`id` IS NOT NULL OR `id` != "");