L'uso del supporto mysql gis migliorerà le tue velocità poiché è stato creato per questo. Se leggi e confronti costantemente le distanze, varrà la pena utilizzare Postgis che è un database geospaziale a supporto completo. Ti consentirà di indicizzare i tuoi punti per query di distanza efficienti. MySQL fornisce un supporto limitato e si basa su GEOS http://trac.osgeo.org/geos/
http://forge.mysql.com/wiki/GIS_Functions
http://postgis.refractions.net/
Il link più rilevante per questo è stato pubblicato da un commento di Anigel e fornisce una risposta esatta alla tua domanda Il modo più veloce per trovare la distanza tra due punti latitudine/longitudine