Ho affrontato lo stesso problema. Oltre a utilizzare questi:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_CHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WCHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setencoding(encoding='utf-8')
L'aggiunta di questo ha risolto il problema per me:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WMETADATA, encoding='utf-32le')
