Mysql
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opzioni dell'istruzione case suddivise su due colonne di output

Hai bisogno di 2 espressioni CASE:

SELECT    f.id, 
          CASE WHEN id_user IS NOT NULL THEN url END url,
          CASE WHEN id_user IS NULL THEN landing_page END landing_page
FROM      funzioni f
LEFT JOIN funz_abilitate fa ON fa.id_funzione = f.id AND fa.id_user = $id

Inoltre devi qualificare tutti i nomi di colonna con il nome/alias della tabella per evitare ambiguità.