Hai bisogno di 2 espressioni CASE:
SELECT f.id,
CASE WHEN id_user IS NOT NULL THEN url END url,
CASE WHEN id_user IS NULL THEN landing_page END landing_page
FROM funzioni f
LEFT JOIN funz_abilitate fa ON fa.id_funzione = f.id AND fa.id_user = $id
Inoltre devi qualificare tutti i nomi di colonna con il nome/alias della tabella per evitare ambiguità.