Le tabelle che hai citato appartengono tutte a mysql database, che è un database di sistema. È perfettamente accettabile utilizzare mysqldump su quel database, ma un backup incompleto di quel database potrebbe causare problemi di autenticazione/autorizzazione/funzionamento se in seguito si esegue il dump per ripristinare il database.
Queste tabelle non dovrebbero apparire all'interno di un normale database. Se esistono lì, indica sicuramente un errore precedente e dovresti semplicemente eliminare queste tabelle.
Se vuoi semplicemente eseguire quel dump e non vuoi indagare sul problema alla radice, è anche possibile dire a mysqldump di ignorare le tabelle esistenti ma che vorresti escludere da un file dump. La sintassi dell'opzione è:--ignore-table=db_name.tbl_name . Per escludere più tabelle, puoi ripetere l'argomento più volte.
