Mysql
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Mysql, seleziona gli ID raggruppati per colonna distinta (seleziona tutti gli ID per ogni dominio univoco)

Potresti usare GROUP_CONCAT :

SELECT GROUP_CONCAT(`id`), `domain` FROM `gsort_linkdata` GROUP BY `domain`

(Fai attenzione a group_concat_max_len .)

Ma poiché non c'è modo di passare un array da MySQL a PHP, è necessario dividere la stringa risultante in PHP o JS, quindi penso che il tuo metodo attuale sia quello migliore. Il tuo metodo è sicuro e in realtà solo una riga in PHP, qualsiasi altra cosa (incluso GROUP_CONCAT) è più complicata.