Il problema qui ha finito per essere alcune cose. Come ha sottolineato abarnert nei commenti della domanda, c'è stato un mix di python di sistema e virtualenv python. Per risolvere questo problema ho dovuto modificare le proprietà del progetto del progetto PyDev per puntare solo all'istanza python virtualenv, quindi nelle preferenze dell'interprete PyDev ho dovuto ricostruire PYTHONPATH.
Fatto ciò, in virtualenv ho dovuto eseguire il seguente codice:
pip uninstall mysql-python
pip install mysql-python==1.2.5
Questo ha risolto tutti i problemi.
