Oltre ai commenti, ho trovato un altro motivo che potrebbe causare il problema, ovvero che nessuno schema è elencato:
Mi imbatto in questo mentre provo a connettermi a un altro database con schemi diversi da prima.
Vai a Progetto -> Proprietà -> JPA e disabilita/deseleziona Sostituisci schema predefinito dalla connessione
Se è selezionato uno schema che non esiste nel database selezionato, durante la creazione delle entità non verrà visualizzato alcuno schema. Per me il problema era che Eclipse stava già provando a mostrare uno schema dal database.
