Query sul modello che ha EmbedsMany relazione includerà le istanze del relativo modello di dettaglio nel risultato. Questo perché il modello figlio verrà mantenuto in un campo della tabella principale, sotto forma di documento, se si utilizza un database SQL.
HasMany memorizza l'id del modello correlato e spetta a te includere o meno l'istanza del modello correlato nella query. In questo caso i dati anagrafici e di dettaglio verranno archiviati in tabelle separate.
Cosa è meglio usare dipende davvero da te e dalle tue esigenze.