JPA non consente l'entità composta da colonne di più tabelle?

Non ho capito bene la tua configurazione.

@SecondaryTable serve per memorizzare una singola entità in più tabelle, ma nel tuo caso hai una relazione molti-a-uno tra entità diverse (ognuna memorizzata nella propria tabella) e dovrebbe essere mappata come tale:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}