Non esegui il backup di information_schema, ma in caso contrario, conserva una copia del tuo my.cnf e un dump delle tabelle mysql db e delle impostazioni del registro. Per farlo:
mysqldump -u$user -p$pass --all-databases > db_backup.sql
Se intendi ripristinare la stessa versione di MySQL al 100%, puoi anche eseguire il backup spegnendo il server ed eseguendo una copia completa del contenuto di /var/lib/mysql (o ovunque si trovino i tuoi file di dati) insieme a il tuo file my.cnf. Quindi rimetti la copia al suo posto quando vuoi andare in diretta e riaccendi il tuo server.