Dopo aver aggiunto una nuova colonna ID (non impostarla ancora come chiave primaria e non attivare l'incremento automatico) esegui:
SET @index = 1;
UPDATE tablename SET ID = (@index:[email protected]+1);
Questo imposta un valore ID incrementale a partire da 1 su ciascuna delle tue righe esistenti, risolvendo così il problema della chiave duplicata che dovresti affrontare se provassi a inserire una nuova colonna di chiave primaria dopo che i dati sono già stati inseriti.
Fatto ciò, puoi impostare la colonna ID come chiave primaria con incremento automatico.