Non capisco la tua domanda qui.
La tua idea è il modo normale per farlo. Dovresti impostare una tabella con recipient_id e message_id ed eseguire query su di essa per determinare (ad esempio) quali messaggi ha un particolare utente. Potrebbe anche essere necessario archiviare dati aggiuntivi in questa tabella, ad esempio se l'utente ha letto il messaggio, ecc., a seconda delle esigenze della tua app.
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