Inserendo la riga:
<property name="testQuery" value="SELECT 1"/>
sulla configurazione dell'origine dati, sembra che la connessione sia stata testata prima dell'uso e riconnessa se è morta. L'ho provato con wait_timeout=60
e anche con un riavvio del server MySQL mentre la mia applicazione era in esecuzione...
Risultato:niente più Eccezioni ed Errori!