Ho appena trascorso un'ora su questo stesso problema; Probabilmente hai commesso il mio stesso errore di battitura.
Il problema per me era nel .yml definizione dello schema. Nella sezione in cui ho definito le relazioni tra le mie tabelle avevo questa entità target:
targetEntity: mlEmailNotif
invece di
targetEntity: MlEmailNotif
Quindi la 'm' minuscola fa sì che la dottrina crei un nuovo alias per una nuova tabella (il confronto php fa distinzione tra maiuscole e minuscole).
