La mia semplice app in linguaggio C (ISAM, nessuna transazione) funziona per otto ore al giorno, aggiornando più tabelle in un database su un'unica connessione MySQL che rimane aperta tutto il tempo. Funziona bene. Ogni volta che si verifica un qualsiasi tipo di errore MySQL (non solo il server è andato via), il codice chiama di nuovo mysql_real_connect() e riprende senza problemi. La riconnessione è uno dei luoghi in cui, secondo me, MySQL funziona in modo impeccabile.
Ma ci sono molte polemiche e discussioni sulla bontà/cattiveria delle connessioni persistenti. Puoi trovarne alcuni qui:
-- HTH