No, la versione attuale (5.2.10 beta) non lo supporta.
Tuttavia, il formato del file non è proprietario:è un semplice archivio zip. Contiene un unico documento XML che è il modello di database completo. Ho scritto questa domanda SO
un paio di mesi fa con il tuo stesso obiettivo. Volevo essere in grado di eseguire svn diff model.mwb
La risposta che ho ricevuto mi ha aiutato a scrivere un piccolo script che ha decompresso il file prima di passarlo allo strumento diff. Ha funzionato decentemente e se sei interessato posso pubblicarlo da qualche parte.
Di recente ho anche avviato un thread sul forum di Workbench su questo problema. Si spera che qualcuno nel team di sviluppo possa fornire un ulteriore input su questo.
EDIT:ora è monitorato da MySQL Bug #51203 con un obiettivo di 6,0.
