Per quanto ne so, non puoi passare direttamente le variabili in uno script MySQL. Il meglio che puoi fare è impostare le variabili utente in uno script di shell wrapper. Qualcosa come:
passed_var1=$1
passed_var2=$2
mainsql=script.sql
mysql $(usual_parameters) -e "set @user_var1=$passed_var1; set @user_var2=$passed_var2; source $mainsql"
Ovviamente, adattalo all'uso effettivo.