Quando inserisci i tuoi dati da php nel tuo database mysql prova a avvolgere i tuoi dati di stringa usando utf8_decode();
utf8_decode(string)
Come dice il manuale php, questo converte utf8 in ISO-8859-1 (latin1);
Potresti anche voler sperimentare con iconv() funzione. Questo ti dà più scelta della codifica di input e della codifica di output desiderata
string iconv ( string $in_charset , string $out_charset , string $str )
Se ciò non aiuta ancora, prova a cambiare le regole di confronto nella colonna della tabella Mysql in cui stai inserendo, in latin1_swedish_ci.