Come posso unire due tabelle su più colonne in CakePHP 3?

Sì, è possibile. Usa semplicemente gli array per esprimere le colonne che devono essere abbinate:

$this->belongsTo('Things', [
    'bindingKey' => ['key1', 'ke2'],
    'foreignKey' => ['fk1', 'fk2']
]);

Ciò corrisponderà a key1 = fk1 e key2 = fk2