Stai riscontrando problemi di timeout e troppe connessioni. Prova ad abbassare il tuo wait_timeout e forse il interactive_timeout.
Non so se stai usando PDO (consigliato da tutti i post che ho visto qui), ma prova a rendere la connessione MySQL persistente in modo che non debba continuare ad aprire nuove connessioni per ogni aggiornamento.
