1064, hai un errore nella tua sintassi SQL;... Python MySQL

I data il valore è un elenco e stai cercando di formattarlo nella query. Inoltre, non utilizzare la formattazione delle stringhe per inserire variabili in una query - utilizzare una corretta parametrizzazione delle query invece:

cursor.execute("""
    UPDATE 
        tplinkus_rma.rma_order 
    SET 
        rma_num=%s 
    WHERE 
       order_id=%s""", (data[0], Id))

Nota come i parametri della query vengono inseriti in una tupla e passati come argomento separato.