Ho riscontrato lo stesso problema, ma penso di sapere cosa sta causando la confusione. Se usi MySQL Query Analyzer, puoi farlo benissimo:
SELECT myvalue
INTO @myvar
FROM mytable
WHERE anothervalue = 1;
Tuttavia, se inserisci la stessa query in MySQL Workbench, verrà generato un errore di sintassi. Non so perché dovrebbero essere diversi, ma lo sono.
Per aggirare il problema in MySQL Workbench, puoi riscrivere la query in questo modo:
SELECT @myvar:=myvalue
FROM mytable
WHERE anothervalue = 1;